O Programa de Integridade da FAPEU foi criado para atender uma necessidade concreta face aos riscos que a instituição está submetida. É um compromisso da Fundação e passa pela compreensão do que é o Programa de Integridade e como pode ser aproveitado quanto instrumento de transformação, baseado em conformidade e nas melhores práticas institucionais. O Programa consiste em um conjunto de mecanismos e procedimentos internos de boa governança, adotados pela Fundação. O Programa estabelece código de conduta, políticas e diretrizes que visam evitar, detectar e corrigir qualquer tipo de desvio, seja um ato ilícito, fraudes ou simplesmente irregularidades administrativas em desconformidade com as leis e normas, evidenciando o comprometimento ético da instituição com as instituições apoiadas, com os parceiros e com a sociedade como um todo.